2つのDOI

日本国内の学術誌のDOI(Digital Object Identifier)には、「JaLC DOI」と「CrossRef DOI」があります。(JaLC=Japan Link Center)
この2つの違いはCrossRefにデポジットしているかしていないかの違いです。

共にDOI登録機関を束ねる国際DOI財団 (The International DOI Foundation: https://www.doi.org/ )にはデポジットされています。

CrossRef DOIのメリット
・CrossRefはメタデータを収集する二次情報データベースの収録対象誌になる。
・CrossRefのオプション機能を利用できる。
   Similarity Check(剽窃検知システム)
   ORCIDとの連携
     など
CrossRef DOIのデメリット
・Similarity Checkの利用をしなくてはいけない(有料:0.75米ドル/件)。
  *以前からCrossref DOIを利用している場合は原則利用はしなくても大丈夫のようです。

わたしの見解は、英文のジャーナルならこの先Crossrefのオプション機能を利用したくなった場合、途中からJaLC DOIからCrossRef DOIに変更することは無理ですので、CrossRef DOIを最初から取得した方がいいかと思います。ジャーナルを世界に発信したいならCrossRef DOIでしょう。
それ以外でしたらはJaLC DOIでいいかと思います。